À propos de BEACON
BEACON est une collaboration ouverte qui coordonne, intègre et fait progresser les travaux et les sciences de la communauté d’évaluation critique. Ses principaux objectifs sont d’accroître l’impact collectif des approches d’évaluation critique dans tous les domaines scientifiques, de faire progresser la rigueur et la reproductibilité dans la recherche, et de créer un cadre de référence complet et adaptable pour soutenir le développement et l’évaluation des approches d’IA.
S’appuyant sur un groupe de réflexion sur l’analyse comparative et l’évaluation critique, conçu pour promouvoir la cohérence méthodologique et le leadership éclairé dans tous les domaines, BEACON offre une plateforme ouverte pour relever des défis, impliquer les communautés d’analyse comparative et les participants dans les activités du consortium, et faciliter l’accès aux données et aux méthodes.
Le problème : la crise de la reproductibilité scientifique
Le progrès scientifique est le moteur de l’avancement humain, mais il est confronté à un goulot d’étranglement critique. La rigueur et la reproductibilité sont essentielles au progrès, mais il manque un cadre complet pour valider la recherche. Cette crise de la reproductibilité signifie que des milliards de dollars et des décennies de recherche, en particulier dans des domaines critiques tels que le cancer, les maladies cardiovasculaires et la maladie d’Alzheimer, sont gaspillés sur la base de résultats incertains, peu fiables et non reproductibles.
La croissance explosive de l’intelligence artificielle accélère cette crise. L’IA peut générer des hypothèses et des prédictions à un rythme qui a complètement dépassé l’évaluation traditionnelle par les pairs et notre capacité à tester ces hypothèses de manière expérimentale. Sans un nouveau système d’exploitation pour la validation, nous ne pouvons pas faire confiance aux résultats de ces nouveaux outils puissants, et la promesse d’une médecine basée sur l’IA sera compromise.
La solution éprouvée : l’évaluation critique
La solution n’est pas de ralentir la science, mais de mettre en place un meilleur système pour la valider. Ce système est ouvert, axé sur la communauté et repose sur l’évaluation critique, une méthode dans laquelle des groupes indépendants s’affrontent dans le cadre de défis visant à résoudre des problèmes à l’aide de données partagées, leurs résultats étant jugés par rapport à des critères de référence objectifs et incontestables.
Ce modèle affiche un bilan spectaculaire. Le défi CASP, qui en est désormais à sa 17e édition, a favorisé le développement de la communauté spécialisée dans le repliement des protéines et a largement contribué à la mise au point de l’algorithme AlphaFold, récompensé par le prix Nobel. D’autres initiatives d’évaluation critique telles que DREAM, OpenADMET et défi CACHE ont organisé plus de 100 défis et ont permis d’accélérer le développement d’algorithmes pour la biologie des systèmes, la médecine translationnelle et la découverte de médicaments. DREAM, en particulier, s’est attaqué à une série de problèmes importants tels que le diagnostic du cancer du sein à partir d’images mammographiques, la rétro-ingénierie des réseaux de régulation génétique en biologie, la sensibilité aux médicaments et la prédiction de l’odeur des molécules.
L’initiative : BEACON (Consortium d’analyse comparative, d’évaluation et d’appréciation)
Jusqu’à présent, ces efforts d’évaluation importants étaient cloisonnés. BEACON réunit les organisations d’évaluation critique les plus performantes et les plus crédibles au monde — les fondateurs de CASP, DREAM, Sage Bionetworks, CACHE/Conscience et OpenADMET — au sein d’un consortium unique, coordonné et ouvert.
La mission de BEACON est de devenir l’arbitre impartial et fiable de la rigueur pour l’ensemble de l’écosystème scientifique, en veillant à ce que l’innovation s’accompagne de responsabilité.
Portée stratégique
BEACON fonctionnera à travers deux plateformes de soutien horizontales et six domaines d’intérêt verticaux initiaux afin de relever certains des plus grands défis scientifiques :
Plateformes de support horizontales :
- Le Think Tank : un centre d’innovation méthodologique visant à promouvoir le leadership éclairé et le développement de nouvelles méthodes de validation.
- La plateforme d’analyse comparative : une infrastructure technologique robuste pour héberger des défis, impliquer la communauté et fournir un accès facile aux données et aux méthodes.
Domaines d’intervention verticaux initiaux :
- Biologie structurale des mécanismes cellulaires : aller au-delà des protéines individuelles pour cartographier l’ensemble de la « biologie structurale virtuelle » de la cellule
- Interactions ligand-protéine : accélérer radicalement la découverte de médicaments grâce à une analyse comparative permettant de trouver des modulateurs pharmacologiques pour les protéines humaines, en partenariat avec Target2035
- Évaluation de la littérature scientifique : déployer une évaluation structurée et basée sur des règles pour pallier les lacunes du processus conventionnel d’évaluation par les pairs
- Mécanismes pathologiques : créer des solutions basées sur l’IA pour valider les nouvelles découvertes sur les mécanismes pathologiques, en commençant par la maladie d’Alzheimer
- Biologie cellulaire virtuelle : servir d’évaluateur impartial pour l’ambitieux projet mondial de création de « cellules virtuelles », en garantissant leur fidélité et leur fiabilité.
- Science « n-of-1 » de pointe : développer de nouveaux cadres pour réaliser une analyse comparative des découvertes potentielles dans des scénarios impliquant un seul patient, en se concentrant sur les traitements et les mécanismes pathologiques pour lesquels il n’existe aucune « vérité fondamentale »
L’équipe et l’opportunité
BEACON est structuré comme une société en commandite gérée par Conscience. Il est dirigé par les fondateurs des efforts d’analyse comparative scientifique, avec un comité de gouvernance qui comprend :
John Moult (cofondateur et président de CASP ; cofondateur de CAGI)
Gustavo Stolovitzky (cofondateur et président de DREAM Challenges)
Pablo Meyer (vice-président de DREAM Challenges)
Julio Saez-Rodriguez (directeur de recherche, EMBL-EBI et directeur, DREAM Challenges)
Patrick Walters (scientifique en chef, OpenADMET)
Aled Edwards (PDG, Structural Genomics Consortium et directeur scientifique, Conscience, fondateur de CACHE)
Luca Foschini (président, Sage Bionetworks)
Peng Fu (PDG, Conscience)
Devenir commanditaire fondateur
Nous recherchons des philanthropes et des organisations visionnaires pour rejoindre BEACON en tant que commanditaires (LP). Il s’agit d’une opportunité unique et très avantageuse de contribuer à la restauration des infrastructures fondamentales de la science elle-même. En tant que LP, vous siégerez au comité de gouvernance, où vous exercerez une fonction de supervision et contribuerez à orienter l’avenir de la rigueur scientifique. Cet investissement garantit que la vague prochaine de découvertes fondées sur l’IA reposera sur des bases solides, accélérant ainsi les progrès dans tous les domaines de l’activité humaine. Si vous souhaitez devenir LP, veuillez nous contacter.
