À propos de CACHE
Les défis CACHE (Critical Assessment of Computation Hit-finding Experiments) offrent une plateforme de compétition ouverte pour aider à accélérer l’une des premières étapes de la découverte de médicaments. Les chercheurs du monde universitaire, de l’industrie et des organisations sans but lucratif sont invités à déployer leurs meilleures méthodes de calcul pour prédire les molécules qui se lieront à une cible prédéfinie en lien avec une maladie, une étape critique dans la découverte de médicaments connue sous le nom de « hit-finding ». Leurs prédictions sont évaluées et comparées dans un laboratoire de pointe, par nos partenaires du Consortium de génomique structurelle (SGC). Tous les résultats des comparaisons de performance des prédictions sont partagés ouvertement et publiquement avec le monde entier, et toutes les structures chimiques sont mises à la disposition de toutes et tous, sans brevet.
Depuis 2024, Conscience gère les défis CACHE, qui ont été lancés à l’origine par le SGC. Nous espérons utiliser CACHE pour faire avancer notre mission, qui consiste à remédier aux défaillances du marché dans le système actuel de découverte de médicaments. Les premiers défis CACHE ont déjà permis d’identifier de nouvelles découvertes dans des domaines peu explorés et ont mis en évidence le potentiel de l’IA en tant qu’outil efficace dans ce domaine. À long terme, CACHE ouvre la voie à une percée de l’IA qui réduirait les coûts de développement des médicaments. La réduction des coûts de développement entraîne une diminution des zones de défaillance du marché et donc moins de personnes laissées de côté.
CACHE est en train de devenir la référence internationale en matière de hit-finding computationnel
On peut considérer CACHE comme les Jeux olympiques de la recherche de hit-finding computationnel. Sans CACHE, nous ne saurions pas quelles sont les meilleures méthodes. Imaginez des équipes d’athlétisme d’élite qui ne courraient que sur leurs propres pistes, avec des distances et des chronomètres différents. Comment pourrions-nous déterminer quelle est la meilleure équipe de course et quelle est la stratégie d’entraînement la plus efficace ? En leur demandant de se mesurer les uns aux autres dans les mêmes conditions. Les défis CACHE rassemblent les meilleures équipes de hit-finding pour travailler sur le même problème, ce qui nous permet de déterminer quelle équipe et quelle méthode fournissent les meilleures prédictions pour une cible donnée.
Qu’est-ce que le « hit-finding » ?
Le « hit-finding » est une des premières étapes de la découverte de médicaments qui consiste à identifier des molécules ciblant une protéine défectueuse impliquée dans une maladie. L’inhibition ou l’activation de la cible pourrait permettre de traiter la maladie ou ses symptômes. Nous recherchons une petite molécule, appelée « hit », qui se lie à la cible, comme une clé à une serrure. Ces molécules ont déjà quelques propriétés essentielles pour un développement de médicament (druglike). On espère que les ordinateurs et l’intelligence artificielle rendront la recherche de ces molécules plus efficace et plus rentable que les méthodes traditionnelles. Ce domaine, connu sous le nom de hit-finding computationnel ou de criblage virtuel, peut encore être amélioré, d’où l’importance de CACHE.
CACHE est une compétition sûre et ouverte, organisée par un organisme à but non lucratif dont la mission est clairement de réduire les coûts de la découverte de médicaments, laissant ainsi moins de personnes de côté. Il favorise la transparence en divulguant les descriptions des méthodes, les données de prédiction ainsi que les données de confirmation expérimentale sans exiger la publication du code source, éliminant ainsi les frictions juridiques. CACHE favorise la découverte réelle dans les domaines où le marché est défaillant, évalue la performance de l’ensemble du flux de travail du hit-finding computationnel et encourage la collaboration entre l’industrie, les PME et le monde universitaire. Des événements connexes, tels que le symposium CACHE 2024, créent des opportunités pour la communauté de se connecter et d’apprendre les uns des autres.
Comment fonctionne un défi CACHE ?
Chaque défi CACHE dure environ deux ans. Une fois la cible sélectionnée, le défi est lancé et les équipes sont invitées à soumettre leurs candidatures, qui sont examinées par le comité d’évaluation des candidatures pour sélectionner les équipes retenues. Lors du premier tour, ces équipes soumettent leurs prédictions, à savoir les composés qui devraient se lier à la cible, et qui sont évalués par le SGC. Les équipes retenues sont invitées à soumettre des composés de suivi lors du 2e tour. Les résultats sont communiqués aux équipes participantes et, trois mois plus tard, ils sont rendus publics.
Participer à un défi CACHE
Des entreprises de biotechnologie, des chercheurs, des développeurs de logiciels et des sociétés pharmaceutiques ont tous pris part aux défis CACHE. La participation offre de nombreux avantages, notamment celui de tester des modèles avec des données expérimentales de haute qualité, de contribuer à la découverte de médicaments dans des domaines où le marché est défaillant, de se comparer à la concurrence et d’attirer l’attention du public (avec la possibilité de garder l’anonymat). Les coûts des tests sont couverts pour toutes les équipes sélectionnées, ce qui représente une réduction d’environ 100 000 $/équipe. Les PME canadiennes et les participants universitaires peuvent bénéficier d’une prise en charge de leurs coûts à hauteur de 50 % ou de 100 %, respectivement. En participant, vous contribuez également à faire progresser le domaine du hit-finding.
Restez informé en vous inscrivant à notre infolettre et visitez le site web du défi CACHE pour obtenir des informations plus détaillées sur la manière de participer.
Qui a participé aux défis CACHE passés et présents ?
Jusqu’à présent, les Défis CACHE ont attiré des participants de 21 pays et de plus de 120 institutions et organisations différentes. Nous espérons continuer à élargir notre portée en tant que concours véritablement international, et nous encourageons tout particulièrement les candidatures provenant de pays du Sud.
Le mélange d’expertise et de perspectives diversifiées allant du monde universitaire à l’industrie fait la force de CACHE. On compte notamment 29 % des participants venant du secteur privé – y compris des sociétés de biotechnologie, pharmaceutiques et de logiciels.
Principaux contributeurs
Outre l’équipe de Conscience, CACHE est rendue possible par :
Le comité directeur de CACHE
Le comité directeur de CACHE est composé de représentants de l’industrie qui prennent diverses décisions sur le déroulement de chaque défi CACHE.
Anders Hogner, AstraZeneca
Judith Guenther, Bayer
Uta Lessel, Boehringer-Ingelheim
Yogesh Sabnis & Alexander Hillisch, UCB (Observateurs)
Si vous souhaitez faire partie du comité directeur de CACHE, veuillez contacter notre responsable des partenariats pour CACHE, Lauriane Gorce, à l’adresse suivante : lauriane.gorce@conscience.ca.
Le coordinateur scientifique
Matthieu Schapira
L’équipe du criblage expérimental au SGC
L’équipe du criblage expérimental est un groupe de chercheurs qui teste expérimentalement les composés prédits par les participants à CACHE.
Suzanne Ackloo
Cheryl Arrowsmith
Albina Bolotokova
Irene Chau
Aiping Dong
Elisa Gibson
Levon Halabelian
Rachel Harding
Oleksandra Herasymenko
Ashley Hutchinson
Fengling Li
Lihua Liu
Peter Loppnau
Sumera Perveen
Matthieu Schapira
Almagul Seitova
Madhushika Silva
Vijayaratnam Santhakumar
Hong Zeng
Le comité d’évaluation des candidatures de CACHE
Le Comité d’évaluation des candidatures de CACHE examine les candidatures pour chaque défi CACHE et sélectionne les équipes participantes.
Judith Guenther, Bayer
Alexander Hillisch, UCB
Anders Hogner, AZ
John Irwin, UCSF
Uta Lessel, Boehringer-Ingelheim
Le comité d’évaluation des résultats de CACHE
Le comité d’évaluation des résultats évalue la bioactivité et la chimie des composés à la fin de chaque défi.
Hartmut Beck, Bayer
Anders Gunnarsson, AZ
Vera Puetter, Nuvisan
Patrick Walters, Vertex
Lars Wortmann, Boehringer-Ingelheim
Le comité de sélection des cibles de CACHE
Le comité de sélection des cibles sélectionne les protéines cibles qui feront l’objet de chaque défi CACHE.
Anne Fortier, Conscience
Andrew R Leach, EMBL’s European Bioinformatics Institute
Oleksandra Herasymenko, SGC-Toronto
Rachel Harding, SGC-Toronto
Cheryl Arrowsmith, SGC-Toronto
Levon Halabelian, SGC-Toronto
Nicola Burgess-Brown, SGC-UK
Tudor Opera, Expert Systems Inc.
Bailleurs de fonds et sponsors
Les défis CACHE sont rendus possibles grâce au soutien généreux de nos bailleurs de fonds, des membres du comité directeur de CACHE et des sponsors, en partenariat avec le SGC.
Bailleur de fonds principal :
Membres du comité directeur de CACHE :
Sponsors:
Contactez nous
Pour toute question relative à CACHE, veuillez contacter :
Dakota Treleaven
Gestionnaire des opérations, CACHE
dakota.treleaven@conscience.ca
Lauriane Gorce
Responsable des partenariats, CACHE
lauriane.gorce@conscience.ca
